A ECA é uma instituição que adopta princípios da gestão colegial, por forma a garantir a tomada de decisões democrática.

Integram a estrutura organizacional da ECA os seguintes órgãos:

1. Conselho da Escola;
2. Director da Escola;
3. Conselho de Direcção;
4. Conselho Científico;
5. Conselho Pedagógico.